畜禽良種繁育體系建設實現較快發展，在畜禽良種繁育、推廣、利用等方面已具有一定基礎。通過引進培育和提高云南省自有良種，使部分良種生產性能明顯提高，形成了一定數量和規模的種畜禽場。截至2013年底，全省有種畜禽場373個，這些種畜禽場構成云南省現有繁育體系的主體，承擔著主要的品種、育種和供種任務。全省各級技術服務機構把推廣優良品種作為一項主要工作，實現良種比重逐年增加，有些品種從無到有、從點到面，基本實現了良種化。

品種改良取得初步成效。通過良種及改良技術推廣，全省畜禽良種化程度、畜禽生產水平和產品質量明顯提高，促進了全省畜牧業生產經營方式的轉變和產業化的發展，畜牧業綜合生產能力不斷增強。去年，全省奶牛、生豬、肉牛、肉羊的良種覆蓋率分別達到100%、88.6%、27.3%、19.6%。良種對養殖產品單產增加的貢獻率達到40%。

畜禽遺傳資源保護和開發利用成果顯著。在國家和省有關部門的支持下，通過實施畜禽良種工程、畜禽種質資源保護等項目，建設了一批畜禽遺傳資源保種場、保護區。據調查，全省有31個畜禽遺傳資源建立了保種場。各地在加強保護的同時，堅持政府引導，鼓勵吸納民間資本參與畜禽遺傳資源保護，出現了“國有”和“民營”相結合的資源保護與開發利用模式。畜禽資源開發利用方式朝集育種、生產、加工一體化的方向發展，目前全省有31個畜禽遺傳資源已經有企業參與開發利用，開發出特色產品33個，產值達到9.8億多元。