（一）支農政策整合缺乏統籌規劃

近年來，支農資金整合取得了一定的階段性成效。但是，這種自上而下與自下而上雙向融合的改革大都屬于捆綁式、外延式，有量的擴張，但質的飛躍仍顯不足。目前一些中西部地區的資金整合縣并沒有明確重點發展方向和領域，對現代農業仍然沒有一個清晰的發展規劃。資金整合后“錢要投到哪里去”，“投到哪里去效益才最大”，“投完這一年度，下一年度又該投到哪里”，這些關乎資金整合投向的重大問題普遍沒有規劃好。

（二）財政支農資金管理效率不高

管理能否跟上是制約支農政策效果的關鍵因素之一。現階段，財政支農資金在事前、事中、事后三方面的項目管理都顯得相對薄弱。首先，財政涉農資金使用普遍缺乏必要的事前論證。其次，項目實施尚沒有建立起一套完整的事中監督制度，沒有約束力的事中管理難以確保項目順利實施。第三，一些地區項目的事后績效考評機制仍為空白，有些地方盡管設置了事后績效考評環節，但考評流程不規范、不科學，考評結果未公開，也使得考評效果大打折扣。

（三）財政支農政策難以及時有效落實

近年來，我國各級財政相繼出臺了一系列扶農、惠農、強農政策，整體取得了良好成效，但是部分地區，特別是西部一些偏遠貧困地區的基層財政難以及時有效落實政策。這突出表現在兩個方面。其一，地方財政對“三農”投入總量達不到法定支出增長要求。其二，取消主產區糧食風險金地方配套，取消病險水庫除險加固、農村飲水安全地方配套等中央已經出臺的惠農政策在基層并沒有及時執行。

（四）“最后一公里”問題

長期以來在“三農”領域一直存在“最后一公里”問題。究其根源，主要是體制機制方面的原因。從財政體制的視角來看，涉農服務基本都是以專項轉移支付的形式撥付下來的，鄉和村只有執行的責任，而沒有根據自身的實際情況調整的權利。