（一）占有科研資源的數(shù)量與級(jí)別成為績(jī)效考評(píng)的重要指標(biāo)弱化了科研人員的創(chuàng)新動(dòng)力，項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)管理松散和結(jié)項(xiàng)管理寬松降低了科研經(jīng)費(fèi)使用效率

占有科研資源是科研單位和科研人員績(jī)效考評(píng)的重要指標(biāo)，科研單位和科研人員憑借占據(jù)大量的科研資源而獲得較高的績(jī)效評(píng)價(jià)，從而弱化了其科研創(chuàng)新動(dòng)力和強(qiáng)化其爭(zhēng)奪科研資源動(dòng)力；同時(shí)項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)管理松散導(dǎo)致科研經(jīng)費(fèi)使用效率下降，項(xiàng)目結(jié)項(xiàng)條件寬松造成科研成果質(zhì)量低劣，使項(xiàng)目立項(xiàng)過(guò)程中存在較大的“權(quán)力尋租”空間。

（二）資源集成的激勵(lì)機(jī)制和利益分配機(jī)制不完善，資源集成推廣機(jī)制缺位

在政府主導(dǎo)資源集成的模式中，資源集成的激勵(lì)機(jī)制、利益分配機(jī)制和法律制度不完善，又缺少資源共享的社會(huì)氛圍，部分集成的科技資源由于缺乏推廣機(jī)制，其經(jīng)濟(jì)和科研效應(yīng)并不顯著，進(jìn)一步削弱了相關(guān)市場(chǎng)主體籌措和投入集成體系建設(shè)資金的動(dòng)力，因此很多主體不愿參與資源集成，并盡可能地實(shí)現(xiàn)資源的自給自足，造成“大而全，小而全”的農(nóng)業(yè)科技資源重復(fù)與類(lèi)同的分布狀況。

（三）政府主導(dǎo)農(nóng)業(yè)科技成果轉(zhuǎn)化效率低，農(nóng)戶(hù)需求導(dǎo)向的成果轉(zhuǎn)化模式尚未形成

農(nóng)業(yè)科技的公共品特性決定了市場(chǎng)機(jī)制無(wú)法實(shí)現(xiàn)農(nóng)業(yè)科技成果的有效轉(zhuǎn)化，因此政府主導(dǎo)的農(nóng)業(yè)科技成果轉(zhuǎn)化模式和推廣模式在我國(guó)占據(jù)了主流地位，這種成果轉(zhuǎn)化模式和推廣模式缺乏激勵(lì)機(jī)制，相關(guān)主體積極性不高，責(zé)任和權(quán)利脫節(jié)，農(nóng)業(yè)科技成果轉(zhuǎn)化和推廣的難度大。同時(shí)農(nóng)戶(hù)經(jīng)營(yíng)規(guī)模小，經(jīng)濟(jì)實(shí)力有限，無(wú)力承擔(dān)構(gòu)建農(nóng)戶(hù)需求主導(dǎo)的市場(chǎng)化成果轉(zhuǎn)化模式，因此農(nóng)業(yè)科技成果轉(zhuǎn)化率始終處于較低水平。

（四）制度弱化農(nóng)業(yè)科技投入激勵(lì)，政府、企業(yè)和科研機(jī)構(gòu)的農(nóng)業(yè)科技投入意愿不足

官員考核以經(jīng)濟(jì)績(jī)效為核心，忽視農(nóng)業(yè)科技投入是官員的理性選擇，農(nóng)業(yè)在公共資源分配中處于不利地位。同時(shí)地方事權(quán)擴(kuò)大導(dǎo)致地方政府關(guān)注點(diǎn)集中在增加財(cái)政收入，地方政府在科研資源分配中盡量向第二產(chǎn)業(yè)傾斜，對(duì)地方財(cái)政收入貢獻(xiàn)低的農(nóng)業(yè)科技則被忽視。因此現(xiàn)行制度弱化了政府對(duì)農(nóng)業(yè)科技投資動(dòng)力。此外農(nóng)業(yè)企業(yè)和農(nóng)業(yè)科研機(jī)構(gòu)規(guī)模小和風(fēng)險(xiǎn)承受能力低，難以聚集科技資源和承擔(dān)科研風(fēng)險(xiǎn)，從而抑制企業(yè)和科研機(jī)構(gòu)的科技投入積極性。